blogdownへの道(6):終

GitHubのブログを公開

いよいよ最終回です。
次の手順で、アップしたブログを公開してみます。

  1. GitHub にアップした my_blog を開き、”setting” タブを選択します。
    図 6-1 公開手順 初期画面
  2. 表示された画面を、下方にスクロールし “GitHub Pages” というタイトルを探します。
    その中の、”Source” の下にある “None” と表示されたプルダウンをクリックします。
    そのプルダウンから、”master branch/docs folder” を選択します。
    図 6-2 ソース選択
  3. この操作で、公開サイトのリンクが先程の “Source” のすぐ上に表示されます。
    図 6-3 公開サイト

以上の結果、表示されたのがこの画面!

図 6-4 残念な結果

CSS、画像、Post 等々全然無視されている!
何故だ?!

(追記)
アップロード時に、Hugo のテーマと css や JavaScript が ./docs に正しくアーカイブされていないのが原因と思われます。
そのため

を実行すると、docs フォルダが作成され、その下にサイトの公開に必要なものがすべてアーカイブされます。
その結果、
図 6-5 最終結果
このように、正常に表示されるようになりました。
【前に:blogdownへの道(5)】

Anaconda環境へのPycharmインストール

【発生した問題点】

インストールした Anaconda 環境下で Pycharm が動作しない。

【環境】

  1. OS : windows 10
  2. Anaconda3-2018-12(64bit版)
  3. pycharm-community-2018.3.3

【状況の整理】

  1. Pycharm: File->Settings->Project python->Project Interpreter には
    「~/Anaconda3/python.exe」を設定済み
  2. Pycharm アイコンから起動した場合、import した numpy などのパッケージがエラーになる
  3. Anaconda Prompt のコマンドラインから起動すると、この現象が発生せず正常に動作する
  4. idle も同様に、コマンドプロンプトから起動すると import でエラーになるが、Anaconda Prompt から起動した場合はエラーにならない
  5. 【対策】

    「Anaconda Prompt と Command Prompt で動作が異なるのは、Path の設定に違いがあるのでは」との推測のもとに、以下により双方の Path 情報をファイルに出力して比較してみた。

    その結果、Anaconda Prompt 側から得られた Path には、次の 6つが追加されているのが判明した。

    この 6 種のパスを、環境変数の Path に設定し Python を起動したところ問題なく実行できるようになった。
    (なお、Anaconda3\Library\usr\bin と Anaconda3\bin は存在しないので指定不要かと思われる。 )

    パソコンを新しくして、悩み続けた1か月。
    漸く Pycharm が動くようになった。
    目出度し!

Graphviz 周りの用語

色々な単語が出てくるので、整理しておく。

用語 内容
diagrammeR R におけるグラフ(Graphviz)描画のためのパッケージ
grViz diagrammeR のグラフ描画用の関数。Graphvizにはない @@ 等の機能が追加されている。
Graphviz グラフ描画の本家本元。
dot グラフ記述用の言語。dot 自体は有向グラフ描画用。他に無向グラフ用に NEATO などもある。
viz.js JavaScrit 用のライブラリ。
full.render.js JavaScrit 用のライブラリ。V 2.0 より前はviz.jsだけをインクルードするだけだったが、V 2.0 からはこのライブラリもインクルードしなければならない。

Viz.js – HTMLでGraphviz

前置きはさておき、ここでは「Viz.js」の使用方法を例を持って示していきます。

【js ライブラリの取得】

GitHubから、

  • full.render.js
  • viz.js

をダウンロードして、好みの場所に配置します。

【実行サンプル】

viz-examplesscript-tagをクリックしてディレクトリを開き、その中のno-worker.htmlを開らいてソースコードをコピーします。それを、テキストエディタに貼付け、保存します。

ここでは、「01-original.html」として保存しました。
これを実行すれば、次の様なグラフが表示されるハズです。

【改善 その1】

グラフ記述部分(以下「Dot」)「digraph { a -> b; }」を外出しにします。

更に、(1) を次のように書き換えて見ます。
残念ながら「SyntaxError: ” string literal contains an unescaped line break」
Dot内に「改行」が使えない模様。

【改善 その2】

複雑な Dot を記述する時に、改行やタブが使えないようでは話になりません。
そこで、新たな改善策。

script タグ内に Dot を単独で定義するようにしました。
それを HTML ソースとして入力すれば、改行や余分なスペースが無視されることを利用しています。
これで、Dot 内でも改行が使用できるようになりました。

【改善 その3】

ここまで来ると、Dot を外部ファイルにしたくなるのは当然の成り行き。
ついでに、jQuery と Bootstrap も導入し DOM の操作や style の改善をしておきましょう。

【サンプル集】

  1. Cluster
  2. Data Struct
  3. Crazy
  4. multi_layout

Ubuntu 18.04 にTeXlive2018をインストール

LaTeX のインストールについては、apt-get による様々な方法が説明されています。しかし、何れの方法をとっても、RStudio において R Markdown を PDF に変換できないのです。何かが足りないようではあるのですが、その何かが分からない。エラーログが、もう少しユーザフレンドリーであったらな~

そこで、最も確実なインストール方法として TeX Live ホームページの手順に従うことにしたものです。

手順

  1. インストーラのダウンロード
  2. インストーラによる TeXlive のインストール
  3. シンボリックリンクの作成

1.インストーラのダウンロード

TeX Live ホームページに行き、”download” をクリックする。

遷移したページの中から、「install-tl-unx.tar.gz (3mb)」をクリックしてダウンロードする。

ダウンロードしたファイルを解凍します。

2.インストーラによる TeXlive のインストール

TeXlive のインストールは、次のコマンドを実行するだけです。

これを実行すると、ズラズラとメッセージが表示され、最後に次のメッセージが表示され、待ち状態になります。

ここで、「i」を入力して、Enter キーを押下するとインストールが始まります。
時間はかかりますが、操作が単純で余分なことをせずにフルインストールができるのが、素晴らしい点です。

3.シンボリックリンクの作成

インストールが完了したら、”/usr/local/bin”以下にシンボリックリンクを作成します。

(注):「2018」の部分は、TeXLive のリリースバージョン(年)毎に異なります。
これにてTeXliveのインストールは完了です。

動作確認

(1) TeX 文書

次の文書を、”sample.tex” として保存します。

端末から、次のコマンドを入力し、PDF 文書が作成されるかを確認します。

(2) R Markdown

RStudio から次の R Markdown を入力し、knit します。

「mainfont」は、自分の環境に合わせ変更してください。日本語フォントを指定しないと、日本語部分が削除され「2018712」と表示されます。

latex_engine について

latex_engine: lualatex としても latex_engine: xelatex としても、問題なく動作しました。
しかし、これを指定しないとエラーで動作が停止しますので、必ず指定してください。

(参考サイト)

  1. TeX Live 2018 のインストール
  2. Ubuntu 14.04 LTSにTeXlive2015をインストール

-以上-

SpyderのUpdate

Anacondaのインストールと同時にインストールされた Spyder の Update 方法です。
pipを使用せず、condaを使用するよう促されますので、次の通りコマンドラインから入力します。

都道府県境界データの取得

地図描画に使用する都道府県境界データ(ShapeFile)は、次の2つのサイトから取得できる。

1. 国土地理院

(1) GIS ホームページ
(2) データ形式:GML(JPGIS2.1)シェープファイル・・・デフォルトで選択されている
   → 2.政策区域行政区域 を選択
(3) データダウンロードの画面が表示されるので、必要な全国、または都道府県を選択して、「次へ」をクリック
(4) その後、測量した年度を指定し、アンケートに答え、利用約款に同意することでダウンロードが可能になる。

2. e-Stat(政府統計の総合窓口)

(1) e-Stat ホームページ
(2) トップメニューの「地図で見る」をクリック→「境界データダウンロード
(3) 「小地域」→「国勢調査」→「2015年」(2015,2010,2005,2000年のいずれか)
(4) 「町丁・字等別」→「世界測地系緯度経度・Shape形式
(5) 都道府県選択画面が表示されるので、必要なデータをダウンロードする

ggplot2 development version をインストール

ggplot2 による地図を描画するため、現バージョンにバンドルされていない geom_sf() が必要なので、development version をインストールしたい。方法は、こちらに記述されているが、R console から次のコマンドを実行する。

ところが、これがうまく行かない。
途中、2回もRtoolsのインストールが走り、延々処理した揚句の失敗が痛い!
一旦は、インストールを諦めたものの、どうしても欲しい物は欲しいのである。

思い直し、Rtoolsの何たるかものかを調べることから再開。
Rtoolsとは、Windows 環境でパーッケージをソースからインストールする際に
「C++でコンパイルするため,C++コンパイラが必要で,WindowsではRtoolsを使う」
とのこと。

Rtoolsのインストール手順は以下の通り。
(1) 既存のRtoolsをアンインストール
(2) Building R for Windows からRtoolsをダウンロード
(3) ダウンロードした RtoolsXX.exe(XX:バージョン)をダブルクリック
(4) R console から次のコマンドを入力して、gcc がインストールされていることを確認する。

以下のようなメッセージが表示されれば成功。

これで、Rtools のインストールが完了したので、先程のコマンドを実行する。

コンパイルが走るので、時間が掛るが辛抱強く終わるのを待つ。
終ったら、バージョンを確認する。

メデタシ、メデタシ?

Rで地図を描画する – mapview

Ubuntu 17.10 へインストール

Windows環境では、問題なくインストールできたが、
Ubuntuでは、延々処理した揚句、インストール失敗。
そこで、その手順を示す。
(1) libcairo2-dev のインストール
次にインストールする svglite に必要なため、最初にこれをインストールする。

(2) svglite のインストール
Rコンソールから

(3)mapview のインストール
Rコンソールから

以上

Rで地図を描画する geom_sf()

Rでshapefileを入力して、地図を描画できると言うことで、いろいろ試してみるも、
問題山積して、収拾ががつかない状況にある。
しかし、何とか解決したものだけでもメモにして残しておく。
環境は、windows7、R 3.4.4(2018/4/6時点の最新版)

geom_sf()がインストールできない

shapefileを入力するのに、従来は maptools の readShapePoly 等を使用するわけだが、現在は

と、警告が発せられる。

Googleで調べてみると、将来の方向性として sf パッケージが良さそうなので sf をインストールしてみる。
RでGISをやるときにはsfパッケージ、という世の中になるらしい。に詳しい説明があります。)
これによって、shapefileは首尾よく入力できるようにはなった。が、sf::st_read()で入力したデータは fortify でのフォーマット変換ができないので、geom_sf()を使用することになる。

これで plot を使用すれば地図の描画はできるが、ggplot2 を使用する場合は、geom_sf()を使用しなければならない。
geom_sf()は、ggplot2 の関数だが、バージョン2.2.1にはこれがバンドルされていないと言う問題がある。
インターネットを探せば、上位にこのインストールの件についての質問が為されているが、答えは何時も

で、インストールせよとのご託宣。種々調べたが、これ以外には方法がない模様。

しかし、試しに windows 環境で実行するも、結果的に失敗に終わる。断定はできないが多分無理。
Windows な人の結論、
次期バージョンを待とう!

(インストールはこちらをご覧ください。)
windowsは見捨てて、guest os の Ubuntu 17.10 で再挑戦。インストールのコマンドは全く同じ。
こちらは、問題なくインストール完了!
ggplot2 2.2.1.9000(変なバージョン番号だが問題はなし)

(「RでGISをやるときにはsfパッケージ、という世の中になるらしい。」によれば、Ubuntu 16.10 以降でなければ、いろんな問題があるらしいので注意してください。)