blogdownへの道(5)

GitHubへのアップロード

GitHub リポジトリへアップロードします。
アップロードではなく、Commit とか Push と言うのが正しいのかも知れませんが、如何せん GitHub の知識が皆無に近いので不正確な表現にはご容赦ください。
以降は、参考サイトの手順に従い進めていきます。

  1. フォルダ “public” を “docs” に変更し、Git タブを選択する。
    図 5-1 commit1
  2. Git タブ内の初期状態はこのように、全て未選択状態になっています。
    図 5-2 Gitタブ内の初期状態
  3. 全ファイル(ホルダ)の “staged” をクリックして選択し、次に “commit” ボタンをクリックします。
    (注): “staged” をチェックする際、フリーズする場合があるようです。特に、”docs” や “theme” のようにディレクトリの階層が深い場合やファイル数が多い場合に発生するような気がします。この状態を脱するには “Ctrl+Alt+Del” でプロセスを停止するしかない(のかな?)。”stage” するには、私の場合は SourceTree を使用しましたが、git add -Aでもよいそうです。
    図 5-3 Gitタブ内ファイル選択後の状態
  4. 上の操作で、次の画面が表示されるので “commit message” に好みに応じメッセージを入力後、”commit” ボタンをクリックします。
    図 5-4 commit 押下後の画面

    commit が終了すると、次のような画面が表示されるので “close” ボタンを押し閉じてください。

    図 5-5 commit完了画面
  5. いよいよ最後の操作で、画面右上の “push” をクリックします。
    図 5-6 push

    push が終了すると、次のような画面が表示されるので “close” ボタンを押し閉じてください。

    図 5-7 push完了画面

以上で、GitHub リポジトリへのアップロードは完了です。

(追記:2019/05/27)
“stage” の処理を強制終了した場合、.git/index.lock が作られ、Sourcetree で当該ディレクトリを開くと次のようなメッセージが表示され commit ができなくなります。

このようなエラーが表示された場合は、”.git/” から “index.lock” を削除してください。

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blogdownへの道(4)

ローカル web サイトの作成

  1. blogdown パッケージのインストール
    CRAN と GitHub から、次によりインストールできます。

  2. Hugo のインストール
    blogdown のヘルパー関数を使用します。

  3. 次により、プロジェクトへ新規 web を作成します。
  4. 暫く待つと、多数のファイルが作られ、RStudio の Viewer に次のよう web 画面が表示されます。
    図 4-1 web 画面
  5. (追加:2019/05/27)
    config.toml に、次の設定を確認し、未設定なら追加します。

    • relativeURLs:アドレス参照を相対アドレスにします。これを設定しないと、css や Javascript の参照が絶対アドレスになり、参照が不正になります。
    • publishDir:blogdown::build_site() の出力ディレクトリを設定します(この場合は “docs”)。

    サイトに必要なファイルを全て./docs* 以下に生成するため、次のコマンドを実行します。

今回は、ここで作成されたものをそのままアップロードします!

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blogdownへの道(3)

R プロジェクトの作成

blogdown を使用するには、空のプロジェクトが必要ですので、新規に作成していきます。

1. RStudio のメニューから「File → New Project」を選択し、表示された “Create Project” の中から、”Version Control” を選択し、次に表示される画面では、バージョンコントローとして Git を選択します。

図 3-1 プロジェクトの作成方法の選択
図 3-2 バージョンコントロールに Git を使用する

2. 次の「Clone Git Repository」画面の”Repository URL” の欄に、先ほど作成しコビーした、Git レポジトリのアドレスを貼り付けます。(図 3-3 参照)
最後に、“Create Project” をクリックします。

図 3-3 新規プロジェクトの作成
<

なお今回は、ディレクトリ “G:\R” の下に、”my_blog” という名前のディレクトリを作成しています。
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blogdownへの道(2)

GitHubにリボジトリを作る

  1. GitHubにログインします。
  2. 左サイドメニューの “New” ボタンをクリックします。
    図 2-1 リポジトリ作成


  3. “my_blog” と言う名前でリポジトリを作成します。
    図 2-2 名称 my_blog でリポジトリ作成
  4. リポジトリが作成されたので、”https://github.com/アカウント名/レポジトリ名.git” 部分をコピーして、秀丸等に張り付けておきます。
    図 2-3 URLのコピー

GitHubでの作業は、これでいったん終了します。
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blogdownへの道(1)

参考サイト:RSTUDIOではグラブれないけど、ブログれる

前提条件 R、RStudio、Git がインストール済み
GitHubへのユーザ登録

RStudio で Git を使えるようにする

RStudio をインストールしただけでは Git は使えません。
そのため、参考サイトに示した手順の中に、「RStudioでGitHubレポジトリとリンク」の説明がありますが、この手順が実行できません。
まず、次により Git を有効にする必要があります。

  1. メニューバーから Tools → Global Options を選択
  2. 左側メニューの Git/SVN をクリック
  3. Enable version control interface for RStudio projects をチェックし有効にする
  4. Git executable に git.exe へのパスを入力する
図 1-1 Git の設定
以上で、RStudio 上での Git の使用が可能になっているはずです。

ここで、後に必要になるので Git Bash を立ち上げ、次の Git コマンドを実行しておきます。

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R 終了時のワークスペース保存確認を表示しない

R を終了するときに、ワークスペースを “>RData” に保存するかどうかを尋ねられます。
いろいろなサイトを当ってみても、「保存しない」のが一般的なようだ。
しからば、そのダイアログを出さないようにしてしまいましょう。

R Console の場合

R console のショートカット→右クリクック→プロパティ
表示されたプロパティの「リンク先」に、図のように “–no-save” を追加する。

RStudio の場合

RStudio を開き
Menu の “Tools” → “Global Options…” で Options を開き
次の個所を

以下のように変更する。

以上

tibble の桁表示について

tibble とは、tbl_df クラスが付与された改良版の data.frame のことで、これを表示した場合、各変数(列)のデータ型が表示されたり、1 画面に収まるようデータが見易く編集された形式で出力されます。
data.frame よりは、処理速度の面でも優れているとのことなので tibble を使ってみたが、平均値を出力すると次のように数値が丸められて小数点以下が表示されない。

本来の数値は、次の通りであるべきですが・・・

こうなってしまうのは、tibble の使用する pillar というパッケージが有効数字や欠損値などの表示形式を勝手にイジってしまうためとのことです(詳しくは、こちらを参照)。

見易さを重視するため、数値の有効桁数がデフォルトで 3 に設定されており、それを超える数値は小数点以下の桁が丸められてしまうようです。
それを示すのが下の事例です。

これではちょっと困るので、デフォルトの有効桁を変更します。この変更には、options を使用します。

または、標準の print.data.frame()(上の例を参照) や print.data.table() を使うこともできます。また、print.tbl_df() 関数を上書きすることも可能で、次の様な設定を .Rprofile にしておけば print.data.table()(または print.data.frame())がデフォルトで使用されるようになります。

tibble を使用する場合は、表示された数値にくれぐれも注意してください!!

RStudioで日本語PDF

1.環境

項目 内容
OS windows7
R 3.5.0
knitr 1.20
RStudio 1.1.453
TeXディストリ w32Tex 角藤版

2.R Markdown

RStudioで、新規R Markdownを選択した時に作成される雛形文書そのもの。

3.結果

このまま実行した時の結果。
! Package inputenc Error: Unicode char 蟷エ (U+5E74)

(inputenc) not set up for use with LaTeX.

エラー: Failed to compile 雛形Rmd.tex. See 雛形Rmd.log for more info.
実行が停止されました

どうやら、日本語(Unicode)処理ができないらしい。

4.原因

PDF文書を指定すると、デフォルトのTexとして
(1) windows : MikTex
(2) OSX : MacTex
(3) Linux : TeX Live
のエンジンが使用されるため。
TeX Wikiによれば、
MiKTeX は Microsoft Windwos 向けの TeX のディストリビューションです. TeX Live と並んで国際的に広く使われていますが,日本語 pTeX が含まれていません. 特別な理由がない限り TeX Live または W32TeX の利用をおすすめします.
とのこと。

5.対策

YAMLヘッダーに明示的に、latex_engine として、UTF-8 ベースの TeX を指定する必要があるようです。

文書全体を以下に示します。

6.最後に

Rmdファイルに日本語名を使用したら、見事にコケました
windows上では、日本語のファイル名は使用できないようですので注意してください。
(追)
Linux(Ubuntu18.04)では、日本語ファイル名が問題なく使用できました。

追伸

再テストの結果、上記のR Markdown が一切動作しなくなりました。
Windows 上も Virtual Box の Ubuntu 上でも!
思い当たる点は、
(1) windows – 角藤版を最新にしようとインストーラを起動したこと。結果的には、何もせずキャンセルしたのだが・・・・
(2) Ubuntu – Tex Live のtlmgr が動かないので、その周りの更新等を行ったこと。

一旦、w32Tex(Windows)とTexLive(Ubuntu)を削除し、w32Texは再インストールした。
(Tex Live の再インストールは保留中)
それでも、結果は変わらず。
エラーログからは、エラー内容が全く読み取れず、対策の打ちようがない。
思い悩んだ挙句、思いついたのが「latex_engine」の変更。
「TeXworks」のタイプセットに表示されるものを指定してみよう!
① pdfplatex
指定不可。指定できるのは、pdflatex,lualatex,xelatex の何れかとのこと。
② pdflatex
しからばと、これを指定するも、想定通り Unicode 周りでエラー。
③ lualatex
万歳!問題なくPDFが出力される。
④ xelatex
念のために試してみたが、やはりエラーとなる。

結果として、私の現在の環境では「lualatex」を指定すれば良いようです。
注意
YAMLヘッダに「mainfont」を指定しないと、日本語が表示されないので、次の様に指定する必要があります。

なお、「Meiryo」の部分を「メイリオ」と指定することができませんでしたので、ご注意の程を!

R 起動コマンドの改善(windows編)

RGui を閉じる際に、毎回ワークスペースの保存有無を聞かれるが、答えはいつも[n」なのに・・・
「q(‘n’)」とするのも面倒だし。
こちらのPDF文書およびSlide Shareに、その解決策が記載されていました。
保存有無を問わないようにするには、次の何れかを指定します。

–save ワークスペースを保存して終了
–no-save ワークスペースを保存しないで終了

これを、R のインストール時に作成されたショートカットに設定します。
保存しない場合の設定は、次の通りです。
(1) ショートカットを右クリック、プロパティを開く。
(2) プロパティの「リンク先」を次の通り変更する。
(変更前)”C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\x64\Rgui.exe” –cd-to-userdocs
(変更後)”C:\Program Files\R\R-3.5.0\bin\x64\Rgui.exe” –cd-to-userdocs –no-save
(Rgui の場所は、自分の環境に合わせて変更してください。)
(3) 「OK」をクリックして、変更を保存する。

ubuntu 18.04 への R 3.5 のインストール

UBUNTU PACKAGES FOR Rからの引用。
手順は以下の通り。

/etc/opt/sources.listの編集

最新のR 3.5パッケージを入手するため、/etc/apt/sources.list の最下行に次のエントリを追加する。

追加は、vim でも gedit でも好きなエディタでよい。例えば、gedit なら

とし、上記コードを最下行にコピペし「保存」すればよい。
その際、何やらかんやらメッセージが出るが、ファイルは更新されているので無視してよい。

鍵の設定

(2018/11/15追加)
Ubuntu 鍵サーバにある2番目の鍵に問題があるので、次の何れかの方法でキーを登録する必要がある。

詳しくは、こちらを参照。

R のインストール

(以下、2019/05/24 追記)

RStudio インストール

ダウンロードサイトより、インストールするプラットホームに該当するインストーラ(例:RStudio 1.2.1335 – Ubuntu 18 (64-bit))をダウンロードし、ダウンロード後それをダブルクリックするのみ。

tidyverse インストール

RStudio から “tidyverse” をインストールしようとすると

error dependencies ‘httr’ ‘rvest’ ‘xml2’ are not available for package ‘tidyverse’

とのエラーが発生する。
これを回避するため、次のコマンドを実行しておく必要がある。